Colecciones de biología
Información procesable a partir de datos biológicos
Facilite el descubrimiento de terapias de última generación
Los datos biológicamente relevantes se presentan en una variedad de formas: secuenciación de última generación (NGS), expresión génica, espectrometría de masas, datos de secuencias y mucho más. Como resultado, las herramientas que procesan estos tipos de datos requieren un profundo conocimiento técnico tanto de la ciencia de datos como de biología para obtener valor. Las colecciones de biología de BIOVIA Pipeline Pilot proporcionan la base técnica para permitir a científicos y programadores desarrollar rápidamente soluciones para analizar datos biológicos y elaborar información procesable y científicamente relevante.
Ventajas de las colecciones
Los biólogos se ahogan en datos. Las colecciones de biología de BIOVIA Pipeline Pilot ofrecen herramientas específicas de cada disciplina para agilizar el análisis y la elaboración de informes de diferentes tipos de datos biológicos, lo que permite la integración de métodos estándar del sector o personalizados para sacar el máximo partido a sus datos y facilitar el descubrimiento de terapias de última generación.
- Next-Generation Sequencing
- Análisis de secuencias
- Genómica y proteómica
Las organizaciones de investigación en ciencias de la salud están aplicando datos de secuenciación genómica a gran escala para explorar áreas como la medicina personalizada, la investigación agrícola y el desarrollo de biocombustibles.
La colección Next Generation Sequencing (NGS) ofrece una amplia gama de procesos de análisis de datos NGS listos para analizar datos con una potencia y flexibilidad sin precedentes.
- Genere una amplia variedad de análisis de NGS. Ensamblaje de novo, asignación a referencia, detección de SNP y variantes estructurales, secuenciación de ARN, secuenciación de CNV, secuenciación de ChIP, secuenciación de metilo y comparaciones de genoma a gran escala
- Integre algoritmos estándar del sector. BWA-MEM, Bowtie 2, GATK, BreakDancer, TopHat, Cufflinks, SAMtools, Velvet
- Simplifique el uso de archivos de datos NGS. Secuencias de referencia, alineaciones y anotaciones de funciones
- Optimice el análisis, la interpretación y la elaboración de informes. GBrowse, IGV, Tablet y Circos, además de gráficos, tablas y cuadros interactivos
La colección de análisis de secuencias ofrece funcionalidades y algoritmos bioinformáticos esenciales para crear flujos de trabajo prácticos de análisis de secuencias. Con sus más de 180 funciones de componentes diferentes, analice y anote secuencias de ADN y proteínas mediante una variedad de métodos estándar del sector o cree las suyas propias.
- Genere alineaciones de secuencias. Alinee varias secuencias con ClustalW y cree modelos de Markov ocultos (HMM)
- Simplifique la coincidencia de patrones. Identifique regiones PROSITE, regiones ricas en GC, sitios de escisión proteolítica, sitios de enzimas de restricción, sitios de escisión de péptidos de señal, marcos de lectura abiertos o patrones de expresiones regulares
- Realice búsquedas por similitud. BLAST, PSI-BLAST o MegaBLAST
- Anote y manipule secuencias
- Para ADN: identificación de cebadores, contenido de GC, traducciones de seis marcos, complemento inverso y predicción de sitio objetivo de ARNip
- Para proteínas: traducción inversa, predicción de estructura secundaria y punto isoeléctrico
- Integre herramientas y bases de datos de terceros. Ejecute BioPerl, NCBI BLAST, programas GCG, herramientas EMBOSS, BioJava, consultas Entrez y EB-eye
Los análisis basados en ómicas requieren grandes volúmenes y una amplia variedad de tipos de datos interdisciplinares. Las colecciones de expresión génica y espectrometría de masas ofrecen herramientas completas para crear y automatizar flujos de trabajo personalizados en ómicas.
- Aumente la accesibilidad. Utilice las herramientas BioConductor sin secuencias de comandos ni paquetes R.
- Acceda a fuentes de datos de terceros. Descargue y analice conjuntos de datos GEO.
- Extraiga péptidos y proteínas asignadas. X!Tandem
- Extraiga, identifique y alinee picos de funciones. XCMS
- Analice muestras etiquetadas. Calcule la ASAPRatio de abundancia de proteínas.
- Compatibilidad con una gran variedad de formatos. Lea archivos RAW*, .wiff, SEQUEST DTA, ANDI (netCDF), Mascot MGF o mzXML.
- Visualice los datos. Utilice cromatogramas interactivos, gráficos de procesamiento de espectrometría de masa 2D, gráficos de escaneo, gráficos de picos de funciones, gráficos de desviación del tiempo de retención, fragmentogramas, visores de péptidos y proteínas con mapas detallados y de calor.
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