Diseño basado en la estructura

• Identificación y optimización de aciertos
• Realice un cribado virtual de ligandos y fragmentos utilizando el motor de farmacóforos CATALYST o los métodos de acoplamiento LibDock o CDOCKER.
• Realice el acoplamiento con GOLD ^§.
• Realice la optimización de candidatos in situ utilizando transformaciones de reacciones de química farmacéutica clásicas y reactivos disponibles en el mercado.
• Identifique los núcleos estructurales o realice sustituciones del grupo R in situ utilizando fragmentos moleculares derivados de compuestos disponibles en el mercado.

^§ Requiere licencia del Cambridge Crystallographic Data Centre

• Calcule las energías de unión con métodos basados en CHARMm MM-PBSA o MM-GBSA.
• Pronostique con precisión la energía relativa de unión del ligando para una serie de ligandos congenéricos utilizando el método de perturbación de energía libre (FEP).
• Calcule la energía libre relativa de unión para una biblioteca combinatoria de ligandos modelada por Multi-Site Lambda Dynamics (MSLD).
• Identifique los residuos críticos que interactúan mediante un conjunto completo de monitores no enlazados favorables, desfavorables e insatisfactorios.
• Perfile y priorice los resultados del cribado, optimizando la potencia y la especificidad del objetivo.

• Diseñe y optimice bibliotecas combinatorias como nuevos puntos de partida para el cribado posterior.
• Combine sus puntajes con los descriptores basados en QSAR clásicos, huellas dactilares y mecánica cuántica y cree modelos predictivos avanzados.
• Reduzca al mínimo la toxicidad con TOPKAT y optimice el perfil farmacocinético.