STAGE - Ingénieur.e Recherche Bioinformatique (F/H)

Sujet : Single Cell phylogénie et intégration omics

L'organisation Virtual Twin of Human Technology de Dassault Systèmes est une équipe pluridisciplinaire dans des domaines technologiques, biologiques et biomédicaux de l'entreprise. Elle réalise une veille scientifique et technologique permanente ainsi que des prototypes logiciels pour évaluer l'applicabilité des nouvelles technologies et des connaissances scientifiques à une nouvelle dimension de la santé humaine.

Au sein de l'équipe Metabolic Twin, notre projet d'estimation du risque cardiovasculaire pour des personnes à haut risque nous amène à développer des algorithmes d'intégration de données hétérogènes complexes. Nous travaillons en lien étroit avec des cliniciens, des cardiologues et des académiques.

Contexte scientifique

Les maladies cardiométaboliques — diabète de type 2, dyslipidémie, athérosclérose — sont aujourd'hui reconnues comme des pathologies inflammatoires chroniques. Le système immunitaire adaptatif y joue un rôle qui reste mal caractérisé.

Les cellules immunitaires présentent une propriété biologique remarquable : leur récepteur (BCR) constitue un code-barres moléculaire unique. Il est donc possible de reconstruire par méthodes phylogénétiques l'histoire généalogique de chaque famille clonale, à partir des mêmes cellules dont on mesure par ailleurs le transcriptome.

Hypothèse de travail du stage : l'état métabolique modifie l'architecture de la réponse immunitaire. Cette signature serait mesurable dans le sang périphérique et constituerait un candidat pour l'enrichissement des modèles de risque cardiovasculaire.

Vos missions

Lors de ce stage, vous développerez et intégrerez un pipeline bioinformatique reproductible permettant, à partir de données brutes de séquençage en cellule unique, de reconstruire la phylogénie des familles clonales de lymphocytes et de la coupler au profil transcriptomique de chaque cellule et patient.

Vous travaillerez en étroite collaboration avec les ingénieurs de recherche de l'équipe Metabolic Twin ainsi que ceux du département Virtual Twin for Human ainsi qu'un chercheur Académique.

Étapes de travail

1. État de l'art et qualification des données

• Identifier et analyser les méthodes de reconstruction de lignage cellulaire décrites dans la littérature
• Qualifier la disponibilité, la complétude et les conditions d'usage des données publiques et de leurs métadonnées cliniques

2. Implémentation du pipeline de répertoire immunitaire

3. Intégration et analyse

4. Validation et restitution

• Documentation, conteneurisation et livraison du pipeline
• Synthèse des travaux et présentation aux autres membres de l'équipe