Faciliter la découverte de médicaments, de l'identification des touchesà l'optimisation en phase finale

La conception basée sur les structures (SBD, Structure-Based Design) et la conception basée sur les fragments (FBD, Fragment-Based Design) sont des stratégies bien établies dans le développement rationnel de médicaments à petites molécules. La connaissance de la façon dont une petite molécule se lie à une protéine présente des avantages considérables, à la fois en termes de hiérarchisation des composés pour le criblage précoce et en termes d'optimisation de la puissance et de la sélectivité.

BIOVIA Discovery Studio propose un portefeuille complet et évolutif d'outils scientifiques, notamment le logiciel GOLD du Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC), pour soutenir et accompagner les stratégies SBD et FBD, de la découverte des touches (hits) à l'optimisation des têtes de série (leads) en phase finale.

Préparation

  • Analyser et préparer les structures 3D (par exemple, PDB, structure radiographique, modèle par homologie) pour la conception SBD
  • Créer automatiquement des molécules voisines en fonction de l'empilement des cristaux et analyser leurs interactions
  • Prédire les états d'ionisation des résidus au pH choisi
  • Identifier et étudier les sites supposés de liaison des ligands
  • Préparer des ligands avec un ensemble complet de caractéristiques et calculer les coordonnées 3D
  • Générer des conformations à partir des ligands
  • Filtrer les ligands en fonction de la ressemblance médicamenteuse, des propriétés moléculaires ou pour supprimer des groupes ou des fonctionnalités indésirables

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