Conception et analyse de macromolécules
Portefeuille complet d'outils scientifiques validés couvrant tous les aspects de la recherche basée sur les macromolécules
Améliorer la recherche basée sur les macromolécules
La détermination de la structure tridimensionnelle et des propriétés des macromolécules, telles que les enzymes et les anticorps, joue un rôle fondamental dans un large éventail d'activités de recherche. Par exemple, différentes conformations résultant d'une dynamique moléculaire normale ou d'interactions avec des ligands ou d'autres protéines peuvent révéler de nouveaux sites de liaison ou fournir des indices quant à leur fonction. Même si la structure de milliers de molécules a été mise au jour grâce à des travaux expérimentaux, le processus d'obtention de données fiables sur les structures est loin d'être anodin.
La simulation permet d'enrichir l'expérimentation physique en fournissant des informations sur la structure macromoléculaire. De plus, grâce à certaines techniques, telles que la modélisation de protéines par homologie, il est possible de prédire les modèles structurels de nouvelles molécules et ainsi d'orienter les efforts en matière de conception thérapeutique et d'ingénierie des protéines. BIOVIA Discovery Studio offre un portefeuille complet d'outils scientifiques validés leaders du marché, capables de vous accompagner dans tous les aspects de la recherche basée sur les macromolécules.
- Recherche
- Modélisation
- Conception
Recherche
- Effectuer des recherches portant sur plusieurs séquences à l'aide des fonctions BLAST et PSI-BLAST dans des bases de données locales ou NCBI
- Pour les protéines composées de plusieurs chaînes, effectuer simultanément et indépendamment plusieurs alignements de séquences de chaque chaîne
- Prédire les hélices dans les séquences de protéines transmembranaires
- Prédire les sites prédisposés aux modifications post-traductionnelles (PTM) à l'aide de la recherche de motifs basés sur les séquences
Modélisation
- Analyser et préparer des structures à partir de référentiels en 3D (PDB, par exemple)
- Générer des modèles de structure 3D à l'aide de MODELER
- Vérifier la qualité d'un modèle de structure
- Rechercher systématiquement les conformations de boucle à l'aide de l'outil LOOPER et du programme CHARMm
- Greffer des conformations de boucle d'une structure type sur un modèle cible
- Optimiser systématiquement les chaînes latérales des acides aminés en utilisant des simulations Chirotor CHARMm
- Procéder à l'amarrage protéine-protéine à l'aide du programme ZDOCK et examiner les interactions entre partenaires de liaison
- Étudier la flexibilité conformationnelle à l'aide de simulations explicites de dynamique moléculaire (MD) basées sur des solvants en faisant appel à CHARMm ou à NAMD
Conception
- Prédire les propriétés électriques de la protéine, y compris la stabilité en fonction du pH et les états de protonation, ainsi que le point isoélectrique
- Prédire les affinités de liaison et de stabilité mutationnelle reposant sur le pH ou thermiques
- Identifier les emplacements potentiels de ponts disulfures stables
- Calculer les propriétés biophysiques importantes pour la formulation des protéines, notamment la viscosité et la solubilité
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