生物学合集
从生物学数据中获得可付诸实践的深度见解
助力发现新一代疗法
生物学相关数据有多种形式：新一代测序 (NGS)、基因表达、质谱、序列数据等。因此，处理这些类型数据的工具需要具备深厚的数据科学和生物学技术知识，才能从数据中汲取价值。BIOVIA Pipeline Pilot 生物学合集提供了技术基础，使科学家和程序员能够快速开发出合适的解决方案来分析生物学数据，并提出具有科学意义且可付诸实践的深度见解。
合集的优势
生物学家每天面对着海量数据。BIOVIA Pipeline Pilot 生物学合集提供特定学科的工具，可简化不同类型生物学数据的分析和报告，而且支持集成行业标准方法或定制方法，以充分利用您的数据并促进新一代疗法的发现。
- 新一代测序
- 序列分析
- 基因组学和蛋白质组学
生命科学研究组织正在应用大规模基因组测序数据探索个性化医疗、农业研究和生物燃料开发等领域。
新一代测序技术 (NGS) 合集提供了全面分类的 NGS 数据分析流程，能够以无与伦比的强大功能和灵活性分析数据。
- 生成各种 NGS 分析。从头组装、映射到参考资料、SNP 和结构变异检测、RNA-Seq、CNV-Seq、ChIP-Seq、Methyl-Seq 和大规模基因组比较
- 集成行业标准算法。BWA-MEM、Bowtie 2、GATK、BreakDancer、TopHat、Cufflinks、SAMtools、Velvet
- 简化 NGS 数据文件的使用。参考序列、比对和特征注释
- 简化分析、解释和报告。GBrowse、IGV、Tablet 和 Circos，以及交互式图形、表格和图表
序列分析合集提供了必要的生物信息学功能和算法，用于创建实用的序列分析工作流程。借助 180 多种不同的组件功能，您可以使用各种行业标准方法来分析和注释 DNA 和蛋白质序列，也可以构建您自己的方法。
- 生成序列比对。使用 ClustalW 对多个序列进行比对，并构建隐马尔科夫模型 (HMM)
- 简化模式匹配。识别 PROSITE 区域、GC rich 区域、蛋白水解裂解位点、限制性内切酶位点、信号肽裂解位点、开放性阅读框或正则表达式模式
- 执行相似性搜索。BLAST、PSI-BLAST 或 MegaBLAST
- 注释和处理序列
- 对于 DNA：引物鉴定、GC 含量、六帧转译、反向互补序列和小干扰 RNA 靶位点预测
- 对于蛋白质：反向转译、二级结构预测和等电点
- 集成第三方工具和数据库。运行 BioPerl、NCBI BLAST、GCG 程序、EMBOSS 工具、BioJava、Entrez 和 EB-eye 查询
基于组学的分析需要大量且广泛的跨学科数据类型。基因表达和质谱合集提供了全面的工具来创建和自动执行定制组学工作流程。
- 提高可访问性。无需脚本或 R 包即可使用 BioConductor 工具
- 访问第三方数据源。下载和分析 GEO 数据集
- 提取多肽和所映射的蛋白质。X!Tandem
- 提取、识别和比对特征峰。XCMS
- 分析标记样本。计算蛋白质丰度的 ASAPRatio
- 支持多种格式。可读取 .RAW*、.wiff、SEQUEST DTA、ANDI (netCDF)、Mascot MGF 或 mzXML 文件
- 可视化数据。利用交互式色谱图、2D 质谱运行图、扫描图、特征峰图、保留时间漂移图、碎片图、带有深入分析和热图的多肽和蛋白质查看器
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