使用一流的工具对生物系统进行仿真

生物分子过程依赖于蛋白质、配体、溶剂和离子之间的各种动态相互作用。通常,由于这些相互作用发生的时间尺度较短,仅通过物理实验很难捕获到具体细节。仿真有助于解释这些流程的能量学原理,从而提供关于其作用机制和特性的深度见解。

BIOVIA Discovery Studio 采用一流的分子仿真程序 NAMD 和  CHARMm。 此外,最新版本的 Discovery Studio 还实施了高斯加速分子动力学 (GaMD) 方法,可同时进行无约束增强采样和自由能计算。

仿真

  • CHARMm
    • 执行基于显式溶剂或隐式溶剂的最小化和分子动力学 (MD) 仿真
    • 通过  DOMDEC  和  OpenMM 支持 GPU
  • NAMD
    • 执行显式溶剂 MD 仿真
    • 使用显式膜将蛋白质溶剂化,并运行 MD 仿真
  • DMol3/CHARMm
    • 使用混合量子力学/分子力学 (QM/MM) 仿真来计算单点能量或执行受体-配体复合物的最小化
  • 实施 GaMD ,以同时进行无约束增强采样和自由能计算
    • 配置并运行  GaMD  平衡,自动完成所需升压电位的参数化
    • 运行并重新启动 GaMD 仿真
    • 根据一组 MD 轨迹来估计自由能形貌图,从而对 GaMD 仿真进行统计重加权 

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