Biologie – Sammlungen
Verwertbare Erkenntnisse aus Biologiedaten
Entdeckung von Therapeutika der nächsten Generation fördern
Biologisch relevante Daten werden auf vielfältige Weise verfügbar: durch „Next Generation Sequencing (NGS)“, Genexpression, Massenspektrometrie, Sequenzdaten und auf andere Weise. Daher erfordern Tools, die diese Arten von Daten verarbeiten, fundierte technische Kenntnisse sowohl der Datenwissenschaft als auch der Biologie, um einen Mehrwert zu erzielen. BIOVIA Pipeline Pilot Biologie – Sammlungen bieten die technische Grundlage für Wissenschaftler und Programmierer, schnell Lösungen zur Analyse biologischer Daten zu entwickeln und umsetzbare, wissenschaftlich relevante Erkenntnisse zu gewinnen.
Vorteile der Sammlung
Biologen ertrinken in Daten. BIOVIA Pipeline Pilot Biologie – Sammlungen bieten fachbereichsspezifische Tools zur Optimierung der Analyse und Berichterstellung verschiedener Arten von biologischen Daten, wodurch eine Integration in branchenübliche oder benutzerdefinierte Methoden ermöglicht wird. Erst so lassen sich Daten optimal zu nutzen und die Entdeckung von Therapeutika der nächsten Generation fördern.
- Sequenzierung der nächsten Generation
- Sequenzanalyse
- Genomik und Proteomik
Life-Science-Forschungsorganisationen verwenden umfangreiche Daten der Genomsequenzierung, um Bereiche wie personalisierte Medizin, landwirtschaftliche Forschung und Entwicklung von Biobrennstoffen zu untersuchen.
Die Next Generation Sequencing (NGS) – Sammlung bietet ein umfassendes Sortiment an NGS-Datenanalyse-Pipelines an, die zur Datenanalyse mit beispielloser Leistung und Flexibilität bereit sind.
- Erstellung einer Vielzahl von NGS-Analysen. De-novo-Baugruppe, Zuordnung zu Referenz, SNP- und strukturelle Variantenerkennung, RNA-Seq, CNV-Seq, Chip-Seq, Methyl-Seq und umfangreiche Genomvergleiche
- Integration von Industriestandard-Algorithmen. BWA-MEM, Bowtie 2, GATK, Breakdancer, Tophat, Cufflinks, SAMtools, Velvet
- Vereinfachung der Verwendung von NGS-Datendateien. Referenzsequenzen, Ausrichtungen und Feature-Beschriftungen
- Optimieren der Analyse, Interpretation und Berichterstellung. GBrowse, IGV, Tablet und Circos sowie interaktive Graphen, Tabellen und Diagramme
Die Sequenzanalyse-Sammlung bietet wichtige Bioinformatik-Funktionen und -Algorithmen für die Erstellung praktischer Sequenzanalyse-Workflows. Mit mehr als 180 verschiedenen Komponentenfunktionen können Sie DNA- und Proteinsequenzen mit einer Vielzahl von Industriestandardmethoden analysieren und beschriften oder Ihre eigenen erstellen.
- Sequenzausrichtung generieren. Ausrichten mehrerer Sequenzen mit ClustalW und Erstellen von verborgenen Markov-Modellen (HMMs)
- Vereinfachung des Musterabgleichs. Identifizieren von PROSITE-Regionen, GC-reichen Bereichen, proteolytischen Spaltstellen, Enzym-Restriktionsstellen, Signal-Peptid-Spaltstellen, offenen Leserahmen oder regulären Expressionsmustern
- Ähnlichkeitssuche durchführen. BLAST, PSI-BLAST oder MegaBLAST
- Beschriften und Bearbeiten von Sequenzen
- Für DNA: Primeridentifikation, GC-Gehalt, 6-Leserahmen-Translationen, umgekehrtes Komplement und Vorhersage der siRNA-Zielstelle
- Für Proteine: Rücktranslation, sekundäre Strukturvorhersage und isoelektrischer Punkt
- Integration von Tools und Datenbanken von Drittanbietern. Ausführen von Abfragen in BioPerl, NCBI BLAST, GCG-Programmen, EMBOSS-Tools, BioJava, Entrez und EB-Eye
Für diese „Omik“-Analysen sind große Mengen und eine breite Palette interdisziplinärer Datentypen erforderlich. Genexpressionen und Massenspektrometrie-Kollektionen bieten umfassende Tools zur Erstellung und Automatisierung von benutzerdefinierten „Omik“-Arbeitsabläufen.
- Bessere Zugänglichkeit. Verwenden von BioConductor-Tools ohne Scripting- oder R-Pakete
- Zugriff auf Datenquellen von Drittanbietern. Herunterladen und Analysieren von GEO-Datensätzen
- Extraktion von Peptiden und abgebildeten Proteinen. X!Tandem-System
- Extrahieren, Identifizieren und Ausrichten von Feature-Peaks. XCMS
- Markierte Proben analysieren. Die ASAPRatio der Proteinmenge berechnen
- Unterstützt eine Vielzahl von Formaten. Einlesen mit . RAW*, .WIFF, SEQUEST DTA, ANDI (netCDF), Mascot MGF oder mzXML
- Daten visualisieren. Verwenden interaktiver Chromatogramme, 2D-Massenspez-Laufdiagramme, Scan-Diagramme, Feature-Peak-Diagramme, Drift-Diagramme der Retentionszeit, Fragmentogramme, Peptid- und Protein-Viewer mit Drilldown und Heatmaps
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